近日,New Phytologist( IF=7.299 )在線發表了浙江大學園藝系盧鋼教授團隊和澳大利亞Newcastle大學環境和生命科學學院阮勇凌教授團隊合作的最新研究成果Evidence for a specific and critical role of mitogen-activated protein kinase 20 in uni-to-binucleate transition of microgametogenesis in tomato。該研究發現SIMPK20在花粉發育單核到雙核的的轉化過程發揮重要功能,其中蛋白質組學技術為揭示具體的調控機制提供分析基礎。絲裂原活化的蛋白激酶(MAPKs)調節植物生長的各個環節,然而其在植物生殖發育過程中的潛在功能現在知道的還不是很清楚。本篇文章針對SIMPK20這種植物特異性的D型MAPK展開研究。研究者首先運用CRISPR/Cas9或RNAi技術敲除或敲低SIMPK20,研究結果表明花粉的生存能力受到顯著抑制。進一步轉錄組和蛋白組分析發現SIMPK20敲除后顯著減少番茄中控制糖和生長素代謝的蛋白表達并且擾亂了花粉發育過程中單核到雙核的轉化。野生型 (WT) 和 CR-9 型番茄雄蕊中DEGs的表達分析最后研究者通過蛋白-蛋白互作分析證明SIMPK20可能通過調控下游蛋白SIMYB32來促...
發布時間: 2019 - 06 - 24
2019年6月,國際專業學術期刊 Science of the Total Environment(IF =4.610)在線發表了山東農業大學王金信教授團隊題為Unravelling mesosulfuron-methyl phytotoxicity and metabolism-based herbicide resistance in Alopecurus aequalis: Insight into regulatory mechanisms using proteomics的最新研究成果。文章通過蛋白質組學+靶向蛋白質組學PRM驗證等方法,揭示了作物生產中雜草植物對除草劑耐藥性的機制,為農業領域提高作物產量提供一定的指導意義。 雜草植物對全世界的作物生產帶來了嚴重的威脅,其進化出的非靶向位點依賴的抗性(NTSR)是一種研究較少的多基因特征,使得雜草植物對于除草劑具有非常強的抗性。已有的研究表明細胞色素P450s能提高甲基二磺?。∕esosulfuron-methyl)這種高效除草劑的代謝速率進而可能在NTSR 中發揮作用,但更深入的機制現在知道的并不多。山東農業大學王金信教授團隊運用iTRAQ蛋白質組學定量技術針對沒有抗性和有抗性的看麥娘這種雜草進行研究,差異蛋白分析結果表明除草劑會造成雜草植物在光合作用、氧化還原平衡等過程的損傷。相比之下,抗...
發布時間: 2019 - 06 - 21
近日,蛋白質組學Top期刊Mol Cell Proteomics發表了福建農林大學林向民教授團隊琥珀?;奘巫檠У奈惱?,研究揭示賴氨酸琥珀?;奘臥謚撓憷嗖≡濉人グ納淼骺鼗?。蛋白琥珀?;奘巫檠Х治黿峁礱?,琥珀?;奘尾斡攵嘀執煌揪逗蛻錒?,包括翻譯、蛋白運輸和中心代謝途徑等,在s -核糖同型半胱氨酸裂解酶 (LuxS) 賴氨酸的K23和K30位點琥珀?;骺厝禾甯杏ψ雜盞家蜃覣I-2的產生,最終改變其與另一病原體溶藻弧菌的競爭力。文章通過對嗜水氣單胞菌琥珀?;奘巫檠У姆治?,更全面地了解琥珀?;奘偽浠鞍錐災匾砉δ?,將有助于預防和治療這一重要病原體。文章的第一作者是姚祖杰博士,景杰生物為該研究的蛋白質琥珀?;奘沃勢準觳馓峁┝思際踔С?。 眾所周知,大多數蛋白質的翻譯后修飾(PTMs)是動態的、可逆的,對調節各種生物體的細胞生理和病理至關重要。在不同種類的細菌中發現了許多不同的PTMs,包括磷酸化、糖基化、亞硝基化和?;?。其中賴氨酸?;奘問竅婦兇鈧匾腜TMs之一。與真核生物蛋白一樣,細菌賴氨酸琥珀?;↘succ)在進化上是保守的,并參與核心代謝途徑,包括三羧酸(TCA)循環、糖酵解和丙酮酸代謝。因此,對生物體內Ksucc的全面鑒定對于理解不同生理條件下的基本生物活動和反應機制至關重要。雖然PTM譜已被鑒定為某些細菌種類...
發布時間: 2019 - 06 - 10
泛素化是一種常見的翻譯后修飾類型(PTM),目前研究較多的是賴氨酸K48 位點的泛素化,能夠標記受損或錯誤折疊的蛋白質,隨后通過蛋白酶體進行降解。此外,其他賴氨酸殘基如K63位點的泛素化,則主要介導細胞內信號事件,包括通過自噬的線粒體蛋白質周轉更新、蛋白質亞細胞定位和轉錄調節。之前有關蛋白質泛素化的研究主要集中在半衰期較短的蛋白質上;而泛素化對長半衰期蛋白質(LLPs)的影響以及對成年人壽命的調節作用尚不清楚。2019年5月21日,來自中國科學院生物與化學交叉研究中心的張耀陽課題組與劉南課題組在國際知名期刊Nature Communications上在線發表了與衰老相關的泛素化蛋白質組學研究成果。作者繪制出果蠅成體的體細胞組織和生殖組織中長半衰期蛋白質的全景圖,并證實了H2A泛素化水平的降低,會顯著延長果蠅的壽命和健康生存期。該項研究不但發現H2A泛素化是一種進化上保守的衰老標志物,同時還將表觀遺傳調控與衰老聯系起來,為進一步揭示衰老相關疾病或生理性衰退的分子機制,提供可靠的理論依據。作者首先通過哺乳動物穩定同位素標記(SILAM)技術,對不同年齡段的果蠅組織(頭部、肌肉和睪丸)中的長半衰期蛋白質組,進行了準確的定性和定量 (圖1a)。結果顯示蛋白質組的表達水平呈現年齡依賴型變化,并且年輕個體和年老個體具有不同的蛋白質周轉更新率(圖1b)。肌肉、頭部和...
發布時間: 2019 - 05 - 31
人參皂苷(Ginsenoside)是從五加科植物(人參、西洋參、三七等)中提取和轉化出來的一種固醇類化合物,更是天然抗癌活性成分,目前已經被廣泛用于癌癥輔助治療。常用的人參皂苷有Rh2、Rg3、Rk2、Rh3、aPPD等。然而能夠和靶蛋白互作,發揮抑癌作用的具體人參皂苷成分仍然未知。近幾年基于高分辨質譜的蛋白質組學技術已經被成功應用到了多項中藥研究中。新技術的發展為更好的解釋人參皂苷的抑癌作用機制提供了可能。近日,南開大學藥學院白鋼教授、侯媛媛副教授團隊在著名學術期刊Journal of Proteome Research上發表論文, 利用TMT蛋白質組學定量技術揭示了人參皂苷的抑癌作用機制。研究人員通過對人參皂苷提取物處理的非小細胞肺癌A549細胞系進行定量蛋白質組學和磷酸化修飾組學分析,發現Ras蛋白在多個功能通路中都起到了調節作用,預示著它很有可能是人參皂苷中某一成分的靶蛋白。除此之外,研究人員利用親和質譜技術篩選出三個Ras結合配體,分別為:20(s)-PPD, 20(s)-Rh2 和20(s)-Rg3。文獻精讀1、人參皂苷處理引起肺癌細胞內大量蛋白和功能通路變化作者分別用人參皂苷提取物(處理組)和DMSO(對照組)對非小細胞肺癌A549細胞系處理6小時,然后提取全蛋白進行定量蛋白質組學和磷酸化修飾組學(組學策略)。共鑒定到5499個蛋白,以及4820個蛋白上的9135個磷...
發布時間: 2019 - 05 - 27
蛋白質?;奘?Acylation)參與多種生物學過程調控,也是近年來備受矚目的研究熱點。從廣度上來講,多種新型?;奘偽徊歡戲⑾?,且各自在功能和調控機制上有不同的傾向性,展現了這一新興研究領域的廣闊前景;而從深度上來講,機制的研究愈發精細,從最初的組蛋白調控作用,到如今進展迅速的非組蛋白調控機制,都體現出?;奘巫魑恢止惴捍嬖詰男奘衛嘈途哂卸嘌納镅Чδ?。關于乙?;詵親櫚鞍字械墓δ?,近年來已有陸續報道,其中很重要的一個層面就是能量代謝的調控。例如在饑餓的條件下,底物濃度乙酰輔酶A的大幅下調和去乙?;窼IRT3的高表達,會從兩個不同的維度導致整體蛋白質乙?;奘嗡降南陸?,并影響一系列代謝酶的功能活性[1-3]。但是有趣的是,這個過程中也會有一些蛋白質出現逆勢上調的趨勢。那么,這些“另類”的蛋白,究竟是參與何種作用的呢?5月1日,北京大學基礎醫學院的羅建沅課題組在Molecular Cell發表了題為Acetylation of PHF5A modulates stress response and colorectal carcinogenesis through alternative splicing mediated upregulation of KDM3A的研究報道,揭示了PHF5A蛋白的乙?;芄煌ü鶻贙DM3A介導的選擇性剪切,來調控在細胞應激反應,并結腸...
發布時間: 2019 - 05 - 13
已有研究表明茶樹是一種喜銨作物,但有關茶樹響應銨態氮的巴豆?;奘位浦兩裎醇ǖ?。賴氨酸巴豆?;奘?Crotonylation)參與轉錄調控并能夠改變蛋白質的理化性質,其在細胞過程中發揮著重要作用。青島農業大學丁兆堂教授團隊以一年生的青農3號茶樹品種為材料,對茶樹銨態氮缺乏/復供條件下非組蛋白巴豆?;奘蔚南煊平辛頌教?。Western Blotting分析表明茶樹葉片中的蛋白質普遍存在巴豆?;奘?,而且巴豆?;奘嗡皆陲Ц垂?小時和3天時具有明顯變化,這表明在銨復供后茶樹葉片中蛋白質發生了明顯的賴氨酸巴豆?;奘?。該研究發現,在銨復供條件下,茶樹葉片中的971種蛋白質上存在2288個賴氨酸巴豆?;奘撾壞?。其中,大多數巴豆?;奘蔚鞍孜揮諞堵燙搴拖赴手?。與銨缺乏相比,在銨復供3小時和3天分別有120和151個巴豆?;奘蔚鞍撞鉅轂澩?。這些修飾蛋白主要參與茶樹初級代謝過程,如光合作用(PsbO、PsbP、Pbs27,PsaN、PsaF和FNR),碳固定(rbcs、TK、ALDO、PGK和PRK)和氨基酸代謝(SGAT,GGAT2,SHMT4和 GDC)。通過對差異表達巴豆?;奘蔚鞍捉蟹治?,發現這些蛋白質主要富集在巴豆?;奘謂櫚嫉墓夂獻饔?、碳固定和氨基酸代謝通路中,并形成密切的相互作用網絡。值得關注的是,大量發生了巴豆?;奘蔚拿?,如Rubisco、TK、...
發布時間: 2019 - 05 - 13
景杰學術/精選大家好,PTM BIO作為蛋白質修飾類抗體的開拓者,開發出大量高質量獨一無二的蛋白質修飾泛抗體以及組蛋白修飾抗體。經過多年耕耘,PTM BIO在業內積累了良好的口碑,大量PTM BIO抗體應用文獻見諸報道。今天小編摘取2019年第一季度發表的代表性PTM BIO蛋白質修飾抗體應用文獻,以饗讀者。01Nature Communications:丙二?;鶻贕APDH與mRNA之間的結合促進炎癥關鍵信號相關產品:丙二?;嚎固錚TM-901,丙二?;嚎固迮劑髦琍TM-904應用:Western Blot,Immunoaffinity Chromatography.來自都柏林圣三一學院和GSK的研究人員合作,首次關注了巨噬細胞-炎癥反應-代謝-丙二?;奘沃淶拿芮泄叵?。研究人員通過對小鼠骨髓來源的巨噬細胞進行脂多糖(LPS)處理。在LPS處理下,巨噬細胞中丙二酰輔酶A含量顯著上升,并激活細胞內蛋白乙?;奘?。研究者進行丙二?;奘巫檠Х治觶ㄐ奘巫檠вτ帽;奘畏嚎固迨髦?,相關產品),共鑒定到412個蛋白上的843個發生了丙二?;奘蔚奈壞?。 02Cell Death & Disease:P53 β-羥基丁?;奘渭躒跗渲琢鲆種乒δ芟喙夭罰害?羥基...
發布時間: 2019 - 04 - 25
解讀:景杰學術評述:范國強 教授 (河南農業大學)編者按:隨著蛋白質組學技術的發展,翻譯后修飾研究成為近年來炙手可熱的研究新熱點,在癌癥、疾病機理、免疫、植物生理等領域廣泛運用。近日蛋白質組學Top期刊MCP上發表河南農業大學范國強教授課題組的最新成果,研究通過對植原體感染的毛泡桐進行了乙?;奘巫檠Ш頑牾;奘巫檠Х治?,首次從蛋白質翻譯后修飾的角度闡述叢枝病的發生機理。我們有幸邀請到文章通訊作者范國強教授對文章進行評述,分享開展研究的思路與科研價值。泡桐樹原產于我國,迄今已有超過2000年栽培歷史,既有很高的園林觀賞價值,又可用以制作家具、樂器等實現經濟價值。由植原體侵染所引起的叢枝病是泡桐樹分布最廣泛的一種病害,它可以直接導致泡桐的死亡,從而造成嚴重的經濟損失。植原體是一類不具有細胞壁的原核生物,屬硬壁菌門(Firmicutes), 柔膜菌綱(Mollicutes), 由于缺乏侵染泡桐的植原體基因組信息,關于侵染過程的病原菌-寄主互作機制研究較為缺乏。隨著組學技術的發展,越來越多的證據顯示在植原體侵染的過程中,泡桐可以通過在轉錄,翻譯,代謝等層面調節體內的代謝過程來實現寄主存活的目的。然而,蛋白質的翻譯后修飾是否在這個過程中發揮作用,目前知之甚少。蛋白質的翻譯后修飾與植物病理,植物生理等都有密切的關系。尤其賴氨酸乙?;?,琥珀?;弱;奘衛嘈?,在代謝過程中發揮重要的...
發布時間: 2019 - 04 - 22
景杰學術/解讀鉻是一種重要的重金屬,已廣泛應用于工業,如電鍍,木材防腐,鋼鐵合金生產,皮革鞣制和色素沉淀等。六價鉻Cr(VI)為吞入性毒物/吸入性極毒物,易被人體吸收,可通過消化、呼吸道、皮膚及粘膜侵入人體,長期或短期接觸或吸入時有致癌危險,對環境有持久危險性。目前,處理Cr(VI)污染的最有效方法是將Cr(VI)轉化為毒性低得多的三價鉻[Cr(III)],除各種化學或生物學方法外,通過微生物進行生物修復是一種備受期待的污染處理策略。Shewanella oneidensis MR-1,是一種異化金屬還原菌。它能夠在有氧或厭氧條件下將Cr(VI)還原為Cr(III)。湖南大學環境科學與工程學院楊朝暉課題組與中國科學院城市環境研究所肖勇課題組等,運用TMT標記方法結合高通量質譜的方法,通過比較未暴露與長期暴露于Cr(VI)的S. oneidensis MR-1,研究揭示了該微生物在長期Cr(VI)脅迫下的還原作用和抗性機制,有助于我們通過長期適應環境進行有效的生物修復和環境風險評估。研究成果近日發表在Environment International (IF=7.297)雜志上。景杰生物為該研究的蛋白質組學定量檢測與分析提供了技術支持。研究速讀1. 樣本策略與微生物的培養本研究使用的菌株是S. oneidensis MR-1,一組不加入Cr(VI),另一組則加入Cr(VI)...
發布時間: 2019 - 04 - 19
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